合理的系統配置，不但能讓短程分子蒸餾設備的正常運行，也可以規避不合理的投資。一般短程蒸餾器的操作真空要求較高，因此在進入短程蒸餾器之前，要把物料中對短程蒸餾的真空度產生影響的輕組份（不凝性氣體，低沸點殘留部分）先脫去。實踐證明刮板式薄膜蒸發器是合適的預脫裝置，選擇合式的刮板式薄膜蒸發器能讓短程分子蒸餾器在高真空狀態的正常運行。
       短程分子蒸餾器還適合于進行分子蒸餾。分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾過程可發如下四步：
       1、分子從液相主體向蒸發表面擴散：通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。
       2、分子在液層表面上的自由蒸發：蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而減少，所以，應以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。
       3、分子從蒸發表面向冷凝面飛射：短程分子蒸餾器的蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。由于蒸發分子遠重于空氣分子，且大都具有相同的運動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運動狀態，故殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。
       4、分子在冷凝面上冷凝：只要讓冷熱兩面間有溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以快完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。
       短程分子蒸餾器筒體的長徑比L/D通常應該根據物料性質與分離要求控制在3～6范圍內，但是還要通過結構設計予以調整，即通過加熱器與冷凝器的結構尺寸來決定。筒體要控制圓度與表面粗糙度，以適應刮板運動和成膜的需要。夾套的長度與分段則根據提供能源的途徑、里面冷凝器結構以及刮板具體尺寸等參數來定。當能源為導熱油時，夾套內可以考慮設置導流板，以強化加熱器的蒸發傳熱過程。筒體與上下封頭組成密閉空腔。連接處要采用密封結構，以讓分子蒸餾過程要求的真空度的嚴格要求。此外,還要根據短程分子蒸餾器結構需要，在筒體上開設的工藝儀表接口、冷卻水進出口和蒸出液、蒸余液出口管等。