首先關注到的是壓強，當蒸餾溫度一定的情況下，壓強越小也就是真空度越高，那么物料的沸點也就會越低。這樣一來，輕分子從蒸發面到冷凝面的阻力也會隨之減少，從而到好的分離效果。
    其次是溫度和速度，溫度所指的是蒸發溫度，而速度是進料速度，不能太快也不能太慢，否則要么會因待分離組分還未蒸發就流到蒸發面底部而起不到分離作用，要么影響分離效率。
    另外與被蒸餾物質的性質有關，物質的相對揮發度越大，兩者就越容易分離。除此之外，蒸發液膜的覆蓋面積、厚薄和均勻度；攜帶劑的使用；物料中雜質等也都會影響到分子蒸餾的分離效率，可不能忽視了。